Laboratory Service-03 – Sequencing 3

Jelen eljárás a hivatkozott DBR keretében, „Molekuláris és biotechnológiai eljárások” szolgáltatási kategóriában, különféle szekvenálások tárgyában vállalkozási szerződés megkötése érdekében kerül kiírásra.

1. A beszerzés tárgya, leírása Növényminták mRNS szekvenálása – 28 db egyedi, fagyasztott növényi levélmintán, opcionálisan ajánlatkérő további legfeljebb 8 minta tekintetében jogosult a szolgáltatás megrendelésére Elvárt követelmények: Totál RNS izolálás és QC (Quality Control, azaz minőség-ellenőrzés) • A nyertes ajánlattevő a részére RNALater oldatban, 2 ml térfogatú Eppendorf mintagyűjtő csövekben átadott, fagyasztott növényi mintákból totál RNS-t izoláljon, majd ezeken a templátokon végezzen minőségellenőrzést. • A minőség-ellenőrzés során kapott eredményeket tartalmazó mérési jegyzőkönyveket, elektronikus fileként Megrendelő rendelkezésére kell bocsátani. Standard mRNA-Seq elvégzése • A nyertes ajánlattevő a RIN≥7 minőségű totál RNS mintákból mRNS-t tisztítson és fragmentálást követően strand-specifikus könyvtárkészítést végezzen. • Az elkészült poolozott könyvtárak szekvenálása Illumina vagy azzal egyenértékű platformon történjen 2x150 bp PE readekkel, melyet követően a nyertes ajánlattevőnek a nyers adatokat Megrendelő rendelkezésére kell bocsájtani. • A teljes workflow minőségbiztosított módon valósuljon meg, a garantált átlagos paired-end readszám 50 millió/minta legyen. A nyertes ajánlattevő köteles a könyvtárkészítés és minőség-ellenőrzés során kapott eredményeket tartalmazó mérési jegyzőkönyveket, szekvenálási riportokat és FastQ formátumú nyersadatokat Megrendelő rendelkezésére bocsájtani. 2. Elvárt további minimum követelmények: • A mintákhoz tartozó minőségi és mennyiségi vizsgálat eredményei és a szekvenciák elküldése elektronikusan (Illumina basespace felhőben való elhelyezés) történjen a megrendelő számára további bioinformatikai feldolgozás számára megfelelő formátumban • Ajánlatkérő nem kér bioinformatikai feldolgozást. • Ajánlatkérő az eredményeket FastQ file-ok átadásával kéri. • Adatok és minták megőrzése a vizsgálat/elemzés elvégzését követően legalább 3 hónapig elvárt. • Nyertes ajánlattevő konzultációra köteles lehetőséget biztosítani a teljesítés minden fázisában. A minták gyűjtése, ill. a minták biztosítása, valamint a minták szállítása az Ajánlatkérő feladata. 3. Teljesítés határideje: A minták átadására a szerződés hatálya alatt 1 alkalommal kerül sor. A mintaátadásra a szerződéskötést követő 20 naptári napon belül, a felek által előzetesen egyeztetett időpontban kerül sor. A teljesítési határidő a minták átvételétől számított 40 naptári nap. Ajánlatkérő előteljesítést elfogad. Az opció igénybevételéről Ajánlatkérő a szerződés hatályba lépését követő 10 naptári napon belül írásban tájékoztatja a nyertes ajánlattevőt.